获取S级线索需要完成特定关卡的特殊条件。S级线索通常与高难度挑战相关，例如摸黑行动要求全程黑暗状态下通关，无法逃脱的闪光需躲避依次飞雷神苦无攻击，单挑大师需抵御超过8波敌人攻击。这些线索的达成条件往往考验玩家对关卡机制的理解和操作精度，部分线索如全部揍一遍要求一次性击败五影并通关，需要合理规划技能释放节奏和走位策略。
生存挑战模式是获取S级线索的重要途径，每天通关15关可积累进度，20天后即可获得S级忍者碎片。该模式每天刷新一次，要求玩家保持稳定的战斗表现。部分S级线索如元素精通需触发3次正确的查克拉球，左右开弓需保持稻草人平均血量80%以上通关，这类条件需要玩家熟悉关卡中的元素互动规则和伤害控制技巧。
高级招募系统虽然主要针对S级忍者获取，但部分活动副本会产出S级线索奖励。通过消耗招募券或点券参与十连抽，有小概率直接获得完整S级忍者或对应线索碎片。每周三的强者对决和周六的要塞争夺战活动中，完成特定成就也可能解锁S级线索，例如守护者线索需在90秒内完成任务，躲避大师要求踩苦无10个及以内通关。
精英副本扫荡和组织任务同样是S级线索的潜在来源。在忍者系统中点击对应S忍头像查看升星提示，根据系统指引通关指定精英副本可收集碎片。组织商店功勋可兑换部分S忍碎片，而组织祈福、晓组织追击等团体活动累计奖励也可能包含线索。需注意部分S级线索如岩石下的秘密需发现隐藏道具，胸有成竹要求不激活错误的法阵通关，这类线索需要反复探索关卡细节。
查克拉管理和技能组合对获取S级线索至关重要。在无限深渊中保留查克拉用于修复血量，同时购买攻击加成的商店技能能提升通关效率。部分S级线索如片纸不沾要求不被纸轮陷阱击中，忙中不错限定被火球命中不超过2次，这需要精确计算替身术15秒冷却时间，并合理使用秘卷和通灵兽的辅助效果。
最后S级线索的收集往往需要多周目重复挑战。建议优先完成大块更有料（击碎10块大滚石）、精准闪避（被落石击中不超过5次）等基础线索来积累查克拉资源，再逐步攻克高难度条件。排行榜虽无实际奖励，但可参考其他玩家的通关录像学习路线规划和技能释放时机，这是提升线索收集效率的有效方法。
