火红版的道馆分布在关都地区的多个主要城市，按照剧情推进顺序依次为：尼比市的岩石系道馆、华蓝市的水系道馆、枯叶市的电系道馆、彩虹市的草系道馆、浅红市的毒系道馆、金黄市的超能力系道馆、红莲岛的火系道馆以及常青市的地面系道馆。每个道馆的挑战顺序与主线剧情紧密相关，玩家需完成前置任务或获得特定技能才能进入。
尼比市的岩石系道馆是玩家遇到的第一个道馆，位于城市中心，馆主小刚使用小拳石和大岩蛇。华蓝市的水系道馆由馆主小霞掌管，需先解决月见山的火箭队事件才能挑战。枯叶市的电系道馆需要学会一字斩技能劈开树木进入，馆主马志士的雷丘是核心威胁。彩虹市的草系道馆隐藏在百货公司后方，馆主莉佳擅长使用霸王花和蔓藤怪。
浅红市的毒系道馆设计为忍者迷宫，馆主阿桔的瓦斯弹和臭臭泥会使用中毒战术。金黄市的超能力系道馆需先解决西尔佛公司的火箭队事件，馆主娜姿的胡地拥有极高的特攻能力。红莲岛的火系道馆钥匙藏在精灵小屋地下室，馆主夏伯的九尾和风速狗需用水系或岩石系克制。常青市的地面系道馆是最终挑战，馆主坂木的钻角犀兽和铁甲暴龙对水系和草系招式抗性较弱。
道馆之间的路线需结合地形和技能解锁，例如从华蓝市到枯叶市需通过地下通道，而前往彩虹市则需穿越岩山隧道并使用闪光术。部分道馆如红莲岛和常青市需后期获得冲浪或秘传技才能抵达。道馆战胜利后获得的徽章不仅是剧情推进的关键，还能提升宝可梦的属性和控制等级上限。
道馆挑战是火红版的核心玩法之一，合理搭配队伍属性和技能能有效降低难度。建议在挑战前充分探索周边区域获取道具和经验值，同时注意保存进度以避免意外失败。部分道馆如金黄市和红莲岛还涉及火箭队支线任务，需优先完成才能触发道馆战。
