少年三国志13的剧情以三国历史为背景，聚焦于东汉末年至三国鼎立时期的英雄争霸故事。游戏通过多个历史剧本和英雄传说模式，让玩家体验从黄巾起义到三国归晋的关键事件。剧情开篇围绕汉室衰微、宦官专权展开，随后黄巾军起义引发天下大乱，玩家将跟随刘备、曹操、孙权等势力参与讨伐董卓、官渡之战、赤壁之战等著名战役。游戏对历史事件的还原较为严谨，同时加入了符合游戏性的改编，使剧情节奏更紧凑。
游戏采用多线叙事结构，玩家可选择不同势力或武将视角推进剧情。选择刘备势力会侧重仁德立国的路线，经历桃园结义、三顾茅庐等经典桥段；选择曹操势力则更多展现挟天子以令诸侯的政治谋略；孙权势力则突出江东基业的巩固与发展。群雄势力如袁绍、吕布等也有独立剧情线，展现乱世中各方势力的兴衰更替。关键剧情节点如连环计、白门楼等事件都设置了分支选择，玩家的决策会影响势力关系和后续剧情走向。
英雄传说模式是剧情的重要补充，该模式以特定武将为主角展开专属故事。例如赵云的长坂坡单骑救主、诸葛亮的七擒孟获等情节都通过关卡任务形式呈现。这些剧情不仅还原史实，还深入刻画了武将的性格特点和成长轨迹。玩家通过完成剧情任务可以解锁隐藏对话和特殊结局，部分稀有武将的专属剧情需要达成特定条件才能触发，增加了剧情探索的深度。
游戏后期剧情聚焦三国鼎立后的权力博弈。魏蜀吴三大势力在维持表面和平的同时，持续进行人才争夺和边境摩擦。剧情通过五丈原之战、姜维北伐等事件展现三国后期的战略平衡。最终所有剧情线都会导向晋国统一，但根据玩家前期的选择，统一过程和结局细节会有显著差异。游戏还设置了若干架空剧情线，如吕布成功割据、刘表统一荆州等可能性，为熟悉历史的玩家提供新鲜体验。
剧情表现手法上采用3D动画与文字叙述结合的方式，重要战役配有专属过场动画。对话系统加入了羁绊设定，玩家与特定武将建立深厚关系后，可解锁隐藏剧情和特殊互动。整体剧情节奏张弛有度，既保持了历史题材的厚重感，又通过游戏机制避免了冗长的叙事段落。需部分剧情触发需要满足特定条件，如时间节点、势力范围、武将存活状态等，这要求玩家在推进剧情时保持一定的战略规划。
