游戏开始时，玩家需要选择男/女主角并命名，随后从家中二楼电脑取出伤药备用。出门后向上进入草丛触发剧情，大木博士会将主角带到研究所，从桌上三只初始精灵（妙蛙种子、小火龙、杰尼龟）中选择一只，对手会自动选择属性克制的精灵并强制对战。战斗结束后离开研究所，向北前往常磐市商店领取包裹，返回真新镇交给大木博士即可获得宝可梦图鉴。对手会再次出现并赠送地图，完成这一系列任务后正式开启一周目主线流程。
初期探索主要集中在1号道路和常磐森林，建议优先捕捉波波或小拉达补充队伍。常磐森林内虫系宝可梦较多，若初始选择小火龙需谨慎应对。穿过森林到达深灰市后，可挑战岩石系道馆馆主小刚，使用水系或草系技能能有效克制其小拳石和大岩蛇。击败馆主后获得灰色徽章，同时解锁秘传技能居合斩，用于清除地图上的小树障碍。可返回常磐市，利用居合斩进入 previously inaccessible areas，例如东侧通往月见山的路径。
中期需乘船前往枯叶市，在港口获得船票后登船，与各层训练师对战并最终在船长室取得秘传机闪光。枯叶市电系道馆的机关需按特定顺序触发电池桶，建议存档后尝试。击败馆主马志士可获得橙色徽章，之后前往地鼠洞穴获取探宝机。主线将引导玩家前往紫苑镇灵骨塔，需先解决火箭队事件：在彩虹市游戏厅击败海报旁的火箭队员，进入地下基地取得银色透镜才能破除灵骨塔内的幽灵系宝可梦迷雾。
